自建库主要功能包括：与PubMed, FMJS建立链接，检索结果自动上传加载到用户个人数据库中；该工具具备全部的数据库系统维护功能，包括建库、数据入库、数据库检索、数据增加、删除、修改、复制、备份等。允许用户建立多个专题文献库，库的数量不受限制，但库文献量应低于10000条。该工具为用户提供了一个功能强大的文献管理工具，方便用户按照自己的需求收集、管理和使用文献，建立个性化的专题数据库。

自建库功能－文献管理工具：用户可以通过此功能来管理、存储自己选出的文献。如下图

更新导航：
更新导航中记录了每次数据入库的时间及文献篇数，可点击“更新时间”检索该次入库文献的情况。


全文管理：
    该功能是为方便用户存储全文而设计。用户可通过FMJS与国内大型医学图书馆馆际互借获得全文，亦可在OA（Open Access）刊中获得免费全文。
    用户点击保存全文将自己收集到的全文存入系统内，同时系统会给此文献加上一个绿标（如图２），以后点击“打开全文”即可获得此篇文献的全文。通过此项功能建立全文与文摘数据间的关联，在My FMJS中管理全文文献。

如图２